Если зайти в корневой каталог UNIX системы, то можно увидеть несколько папок, характерных для любой сборки. Попробуем разобраться что в них хранится и где искать свои файлы.
/usr - хранит не изменяемые системой файлы.
/var - наоборот, файлы изменяемые в процессе работы. Кэш, файлы почты, протоколов, временные файлы и пр. На VPS тут будут лежать файлы сайтов (например, в /var/www/user/data/...)
/home - хранит пользовательские данные.
/bin - хранит команды, в том числе для терминала, такие как cp и ls и т.п. Содержимое каталога практически никогда не меняется, кроме моментов обновлений, когда меняется функционал пакетов.
/boot - файлы загрузчика Linux Loader (LILO). Файлы остаются неизменными после установки.
/dev - содержит файлы device node. Это файлы доступа к устройствам
/etc - файлы настроек
/lib - системные библиотеки
/lost+found - восстановленные части файловой системы после проверки на наличие ошибок.
/mnt - точка монтирования отключаемых устройств (жестких дисков, дискет, компакт-дисков и пр.)
/opt - дополнительные пакеты программ
/proc - каталог не входящий в файловую систему. Содержит информацию, которую ядро может сообщить пользователям, например список загруженных модулей ядра.
/root - Каталог рут пользователя. Может случится так, что каталог /home по какой-то причине может быть не подключен, и, в принципе, его расположение может быть изменено, поэтому домашний каталог рута всегда находится в корне.
/sbin - программы, выполняемые в процессе загрузки. Доступны только root-пользователю.